Se encuentra ubicado en zona ribereña, a orillas de Río Cauca. El municipio de San Jacinto del Cauca pertenece a la Región de La Mojana, la cual es una ecorregión de especial importancia nacional que hace parte del complejo de humedales de la Depresión Momposina, la cual es una cuenca hidrográfica sedimentaria de 24.650 km² reguladora de los caudales de los ríos Magdalena, Cauca y San Jorge. Estos humedales cumplen la función de amortiguación de inundaciones ya que permiten distribuir las cabezas de agua originadas por lluvias en las partes altas de la región Andina, facilitando la decantación y acumulación de sedimentos, funciones de control indispensables para la costa Caribe.3​

Límites municipales

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Limita al norte con los Municipios de Achí-Bolívar y Guaranda-Sucre, al sur con el Municipio de Nechí - Antioquia, al este con el municipio de Montecristo-Bolívar, al oeste con el municipio de Guaranda y el Municipio de Ayapel-Córdoba.3​